Считается, что он исчез около 587 года до н. э., когда Иерусалим был разрушен вторгшимися вавилонянами.
Археологи из Тель-Авивского университета утверждают, что нашли каменную плиту, которая напоминает ту, на которой когда-то стоял библейский ковчег. Они обнаружили таинственное сооружение, датированное ХII веком до н. э. Оно расположено на остатках многочисленных древних поселений недалеко от современного израильского города Бет-Шемеш, в 20 километрах к западу от Иерусалима. В середине XII века до н. э. здание было разрушено.
Пока команда копалась в слоях земли в поисках артефактов, ученые приготовили для них сюрприз. Анализ показал, что материал, покрывающий ритуальное место, был не пеплом, навозом. По мнению исследователей, после того, как храм был уничтожен, его превратили в загон для животных. Исследователи считают, что храм осквернили филистимляне, их ближайшее поселение, Тель-Баташ, находилось всего в семи километрах от Бет-Шемеша.
Археологи обнаружили четыре отдельные деревни, построенные одна на другой. Это означает, что место было завоевано, разрушено и восстановлено много раз на протяжении 200 лет.
Ученые признают, что есть несколько несоответствий между библейской историей и находкой в теории относительно его возможного местонахождения сильно варьируются: он может быть скрытым под Храмовой горой в Иерусалиме или в Африке, где его охраняет какое-то племя.